消毒是種豬場防控疾病的關鍵，事關存亡，絲毫不可懈怠。
種豬場門口建消毒池，本場人車進出，必須經由消毒池。池內放2%的燒堿溶液，每周更換一次，保持池內消毒液的有效性。
飼養人員、獸醫進入豬場前必須在門衛室洗手，用消毒皂或0.1%的新潔爾滅溶液清洗。進入豬場須穿專用膠鞋，飼喂用具在入場前需噴灑消毒。
豬舍內外、豬場道路每周定期消毒。舍內帶豬消毒可用對人畜無害的消毒液，如百毒殺或0.2%的過氧乙酸溶液等;運動場及場內道路可用2%的燒堿溶液消毒。在進行消毒前必須徹底清掃、沖洗，用燒堿溶液消毒后亦須徹底沖洗，除去消毒液，以免腐蝕皮膚和用具。
種母豬在分娩前需對乳頭、陰戶用0.1%的高錳酸鉀溶液擦洗消毒，然后送入消毒過的產房待產。
從場外引進豬種時，進場前必須在隔離舍飼養1周，進場時仍需用對人畜無害消毒藥如百毒殺或0.1%~0.2%的過氧乙酸溶液帶豬消毒。
種豬場除特別情況外，一般謝絕客人參觀。凡遇來人參觀，進場前必須按規定消毒，如更換專用衣服、鞋帽，用消毒液洗手，用紫外線消毒15分鐘等。出場后，需對參觀路徑或全場進行噴霧消毒或灑水消毒。
